พระราชดำริพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว องค์นายกกิติมศักดิ์ มูลนิธิชัยพัฒนา มีพระราชประสงค์ ให้มูลนิธิชัยพัฒนาดำเนินการช่วยเหลือประชาชนที่ประสบภัยพิบัติอย่างรวดเร็ว และสอดคล้องกับสถานการณ์ โดยไม่ซ้ำซ้อนกับการดำเนินงานของหน่วยราชการ ดังนั้น สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี องค์ประธานกรรมการมูลนิธิชัยพัฒนา จึงมีพระราชกระแสให้สำนักงานมูลนิธิชัยพัฒนา จัดทำโครงการฟื้นฟูพื้นที่ประสบอุทกภัย เพื่อให้ประชาชนที่ได้รับความเดือดร้อนในครั้งนี้ ซึ่งมีเป็นจำนวนมากมายและอยู่ในหลายจังหวัด สามารถฟื้นฟูและกลับไปดำเนินชีวิตตามปกติได้เร็วขึ้น และพร้อมกันนั้น ต้องได้รับการพัฒนาคุณภาพชีวิตให้ดีขึ้นด้วย
การดำเนินงานสำนักงานมูลนิธิชัยพัฒนา ได้ดำเนินการตามพระราชกระแสและได้จัดส่งเจ้าหน้าที่ออกสำรวจและเก็บข้อมูลใน พื้นที่ที่ประสบอุทกภัย โดยในระยะแรกได้สำรวจ 6 จังหวัด ได้แก่ ลพบุรี สระบุรี นครราชสีมา พิจิตร ชัยภูมิ และกาญจนบุรี เพื่อพิจารณาจัดทำโครงการฟื้นฟูพื้นที่ประสบอุทกกภัย โดยมีแผนการดำเนินงาน ดังนี้
๑. จัดตั้งหน่วยฟื้นฟูเคลื่อนที่สำนัก งานมูลนิธิชัยพัฒนาจะจัดตั้งหน่วยฟื้นฟูเคลื่อนที่ เข้ายังพื้นที่ประสบภัยที่ระดับน้ำลดลงแล้ว เข้าช่วยเหลือราษฎรที่ประสบภัยน้ำท่วม ช่วยปรับพื้นที่เกษตรกรรม นำเมล็ดพันธุ์ข้าวและพืชผักพระราชทานไปให้ พร้อมทั้งมีปุ๋ยคอก ปุ๋ยพืชสด และพันธุ์พืชจำพวกถั่วต่างๆ และปอเทือง เพื่อปรับปรุงบำรุงดินในพื้นที่ที่สภาพดินเสียหาย รวมถึงมีผู้เชี่ยวชาญให้คำปรึกษาและแนะนำในการประกอบอาชีพ โดยมูลนิธิชัยพัฒนาจะหาพันธมิตรเข้าร่วมดำเนินการ โดยประสานความร่วมมือกับทั้งภาครัฐและเอกชน
๒. จัดตั้งศูนย์ซ่อมแซมเครื่องจักรกลการเกษตรขนาดเล็ก จักรยานยนต์ และเครื่องใช้ไฟฟ้าเนื่องจากบ้านเรือนของประชาชนที่ถูกน้ำท่วม ต่างประสบปัญหาเครื่องจักรกลการเกษตร จักรยานยนต์และเครื่องใช้ไฟฟ้าเสียหาย สำนักงานมูลนิธิชัยพัฒนาจึงได้จัดตั้งศูนย์ฟื้นฟูพื้นที่ประสบอุทกภัยในหมู่บ้านที่ประสบปัญหา เพื่อให้ประชาชนในหมู่บ้านและพื้นที่ใกล้เคียงมาขอรับความช่วยเหลือได้ เพื่อให้ราษฎรได้มีอุปกรณ์ หรือเครื่องมือที่สามารถไปประกอบอาชีพได้ก่อน โดยหาพันธมิตรเข้าร่วมดำเนินการดังกล่าว
การดำเนินงานระยะที่ ๑ ร่วมมือกับหน่วยงานภาครัฐ คือ กองทัพบก ส่วนหน่วยงานภาคเอกชน ประกอบด้วย บริษัท ไทยยามาฮ่ามอเตอร์ จำกัด และบริษัทสยามคูโบต้าคอร์ปอเรชั่น จำกัด จัดตั้งศูนย์เฉพาะกิจในพื้นที่โครงการของมูลนิธิชัยพัฒนา เพื่อดำเนินการช่วยเหลือฟื้นฟูราษฎรผู้ประสบภัยน้ำท่วม ดังนี้
แผนงาน
ความรับผิดชอบ๑. การซ่อมแซมรถจักรยานยนต์
บริษัท ไทยยามาฮ่ามอเตอร์ จำกัด
๒. การซ่อมแซมเครื่องจักรกลการเกษตร
บริษัทสยามคูโบต้าคอร์ปอเรชั่น จำกัด
๓. เครื่องมือ อุปกรณ์ การขนส่ง กำลังพล
กองทัพบก
การดำเนินงานระยะที่ ๒ ร่วมกับหน่วยงานต่างๆ ฟื้นฟูอาชีพให้แก่ราษฎรผู้ประสบภัยภายหลังจากน้ำลด ในลักษณะของหน่วยเคลื่อนที่เร็วเข้าไปดำเนินการสนับสนุนการฟื้นฟูอาชีพให้ แก่เกษตรกรตามความเหมาะสม โดยใช้แรงงาน วัสดุการเกษตรและเครื่องจักรกลการเกษตรที่มีอยู่ในพื้นที่ เพื่อให้เกษตรกรสามารถประกอบอาชีพได้ตามปกติ โดยสำนักงานมูลนิธิชัยพัฒนาสนับสนุนงบประมาณ ดังนี้
แผนงาน
ความรับผิดชอบ๑. การฟื้นฟูและปรับปรุงพื้นที่การเกษตร
สำนักงานมูลนิธิชัยพัฒนา
๒. การสนับสนุนเมล็ดพันธุ์พืช
ศูนย์พัฒนาพันธุ์พืชจักรพันธุ์เพ็ญศิริ / กรมวิชาการเกษตร
๓. การฟื้นฟูอาชีพเฉพาะ
สำนักงานมูลนิธิชัยพัฒนา
๔. เครื่องมือ อุปกรณ์ การขนส่ง กำลังพล
กองทัพบกการดำเนินงานในระยะที่ ๒ นี้ จะเริ่มดำเนินการเมื่อสภาพน้ำท่วมในพื้นที่ลดลงอยู่ในสภาวะปกติจนสามารถ ดำเนินการได้ โดยใช้ชุดปฏิบัติการเฉพาะกิจเช่นเดียวกับการปฏิบัติงานในระยะที่ ๑ ในพื้นที่น้ำท่วมที่มีโครงการของมูลนิธิชัยพัฒนาตั้งอยู่เป็นศูนย์กลาง